Schattdorf hat eine Dorfgeschichte, die vor die Gründung der Eidgenossenschaft zurückreicht. In einer Urkunde aus dem Jahre 1248 finden wir erstmals den Namen "Scachdorf". Das Wort "Scachdorf" stammt aus dem Mittelhochdeutschen und bedeutet soviel wie "Dorf am Waldrand".

Bis 1525 gehörten grosse Teile des Urnerlandes dem Fraumünster Zürich. Schattdorf war damals in kirchlichen Belangen eine Filiale von Bürglen. 1518 wurde in der Kirche ein eigenes Jahrzeitbuch für Schattdorf angelegt. 1537 nahm Bischof Johannes von Konstanz die endgültige Abtrennung von der Mutterkirche Bürglen vor. Dass unsere Ortsgeschichte vor dem Jahre 1000 weitgehend unbekannt ist, mag damit zusammenhängen, dass im Jahre 1020 ein Bergsee auf Oberfeld, dem heutigen Kessel, ausgebrochen sein soll, der die Gemeinde derart versaarte und verwüstete, dass sich Schattdorf der Gemeinde Bürglen unterstellen musste.

Die heutige Kirche wurde 1733 eingeweiht. In den Jahren 1958/1959 wurde sie renoviert und erweitert.

Im Jahre 1799 drangen französische Truppen ins Urnerland ein. Beim Adlergarten, so vermutet man, soll der von den Eindringlingen geforderte Freiheitsbaum gestanden haben. Im gleichen Jahr zogen auch die russischen Armeen unter General Suworow ins Urnerland ein. Schattdorf wurde zum Nachtquartier der Franzosengegner.